华东师范大学河口海岸科学研究院现在拥有自然地理学、河口海岸学、地图学与地理信息系统、海洋地质学、物理海洋学、海洋化学、生态学、环境科学以及港口、海岸及近海工程9个二级学科硕士点,自然地理学、河口海岸学、生态学和环境科学等4个二级学科博士点。用于地理学、生态学、环境科学与工程、地图学与地理信息系统4个博士后流动站。其中,地理学既是国家理科基础科学研究人才培养基地,又是上海高校一流学科(A类)。自然地理学和生态学被教育部列为国家重点学科。
创新研究成果主要体现在:海岸带调查系列成果、长江河口过程与发育模式及其工程实践、盐水入侵和水资源利用、海岸演变与工程应用、滨海湿地生态研究、生物地区化学与生态系统整合研究等六个方面。