华东理工大学生物工程学院设生物工程(含生物医药新工科、中德联合生物工程)、生物科学(含应用化学-生物科学双学位)、生物技术、食品科学与工程、食品质量与安全5个本科专业。研究生培养设置了生物工程(一级学科)、生物学(一级学科)和生物化工(二级学科)3个学术型博士点(可招收硕士、硕博和博士生),食品科学一级学科学术型硕士点(可招收硕士生),生物与医药专业学位博士点(可招收生物工程和食品工程方向专业型硕士和博士生)。学院现设生物工程、化学工程与技术(分站)和轻工技术与工程3个博士后流动站。