南京农业大学计算机科学与技术学科起始于2000年计算机科学与技术本科。2006年获得计算机应用技术二级学科硕士学位授予权；2011年获批计算机科学与技术一级学科学位点授予权。2015年通过江苏省教育厅计算机科学与技术一级学科学位点合格评估。

　　学科充分发挥所处农业院校的行业优势和领域特点，以“学科带头人+领域教授+创新团队”的“2+n”人才组织和培养模式。以“学科带头人+领域教授”为核心，积极加强与农业与生命科学、食品工程、设施园艺的等若干重大学科的交叉与融合，重点开展在大农业领域约束下计算机科学与技术学科的科学问题研究，在物联网技术及应用、计算机视觉与农业图形图像处理、机器学习与农业大数据分析等方面形成了较为系统的研究方向，相关成果发表在《PATTERN RECOGNITION》、《NEURAL NETWORKS》、《APPLIED INTELLIGENCE》等高水平研究期刊上，并不断强化以农产品品控与追溯为代表的应用研究，成果获得中国商业联合会科学技术奖和江苏省轻工业科学技术奖一等奖。

　　学科拥有较为完善的本科-硕士人才培养体系，立足农业事业，培养具有良好的科学素养，系统地、较好地掌握计算机科学与技术包括计算机硬件、软件与应用的理论、技术与方法；掌握本学科发展方向和最新成果，具有独立从事本学科获交叉学科的科学研究、软硬件系统设计、系统集成等能力，具有运用计算机技术分析、解决领域尤其是农业领域问题能力，能在涉农企业、科研及教育部门、技术与行政管理部门等从事相关研究、教学和应用的高级人才。

　　学科现为南京计算机学会副理事长单位、江苏省人工智能学会理事单位、江苏网络空间安全高校联盟理事单位。近五年来，本学科共承担国家自然科学基金5项，承担国家科技部科技支撑重大项目、农业科技成果转化重大项目等项目20项，纵向科研总经费850余万元，总科研项目经费1080万余元。通过与学校优势学科的交叉融合，初步凸显出具有农业与生命科学学科行业优势、领域特色鲜明的发展特色，并于2018年获批成为在国内农林院校中首个开设“人工智能”本科专业的计算机学科。