第三军医大学招收硕士研究生分为学术学位和非全日制研究生专业学位两类,其中专业学位硕士招生学科专业为临床医学硕士、口腔医学硕士、药学硕士、护理硕士、公共卫生硕士、应用心理硕士、工程硕士、军事硕士,培养高级临床医师、口腔医师、药师、护师等应用型人才为目标,侧重于临床实际工作能力的培养。