上海海关学院在职研究生为“服务国家特殊需求人才培养项目——学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生试点工作单位”,试点培养税务硕士专业学位研究生。上海海关学院非全日制研究生设有海关管理系、经济与工商管理系、法律系、外语系、基础部(思想政治理论部)等五个教学系(部);