新疆财经大学在职研究生专业有政治经济学、西方经济学、世界经济、人口资源与环境经济学、区域经济学、财政学、金融学、产业经济学、国际贸易学、数量经济学、经济法学、中国少数民族经济 、新闻学、传播学、统计学、会计学、企业管理、旅游管理等硕士学位点。

　　新疆财大在职研究生教育拥有金融硕士、应用统计硕士、税务硕士、国际商务硕士、保险硕士、资产评估硕士、工商管理硕士、会计硕士等非全日制研究生专业硕士学位点；主要有中国经济改革与发展、当代西方经济理论、企业制度与公司治理、宏观经济理论、政策与应用、制度经济学与产权理论、微观经济理论与现代企业行为分析、资源开发与经济发展、城市环境经济、绿洲经济与可持续发展、环境经济与生态补偿、区域资源开发与可持续发展、区域发展规划与政策、城市经营与经济发展、产业竞争力研究、产业组织理论、产业发展规划与资源产业化、少数民族地区优势资源开发与产业发展研究、少数民族地区经济发展与国际经贸合作研究、区域贸易、国际经济合作、国际贸易理论与政策、中亚与俄罗斯经济、中国与周边国家外向型产业合作与投资、中国与中西南亚国家政治经济关系、部门预算管理、公司税务筹划、社会保障、区域金融与货币政策、商业银行创新与管理、国际金融理论与实务、保险理论与实务、资本市场、投融资理论与实务、公司金融与金融工程 、统计学、经济计量学与应用、数理金融学及应用研究、经济法基本理论研究、宏观调控法研究、市场规制法研究、社会保障法研究、传媒经济研究、少数民族地区新闻媒介研究、多民族地区文化传播研究、中亚传播研究、概率论与数理统计、公司财务与会计、内部控制与审计、非盈利组织财务与会计、企业战略管理、企业财务管理、市场营销、人力资源开发与管理、旅游开发与管理、旅游企业管理、民族地区旅游文化等不同的研究方向；　

　　新疆财经大学非全日制研究生有管理学、经济学、法学、文学、理学、工学等六大门类，拥有硕士一级学科点，硕士二级学科点，硕士专业学位授权点，附设商务学院、继续教育学院、国际交流学院及设施先进的现代教育中心和综合实验大楼，国家汉语水平考试（HSK）和英国雅思考试（IELTS）新疆考点均设在新疆财经大学，为新疆财经大学在职研究生教育提供了有力的保障。